近日，生命科學(xué)學(xué)院李傳友團(tuán)隊在Scientific Data上發(fā)表題為“Chromosome-level genome assembly of Solanum pimpinellifolium”的研究論文，該研究在染色體水平上解析了醋栗番茄LA1589的基因組，為今后研究番茄馴化和基因組育種提供了寶貴的資源。
番茄是全球重要的蔬菜作物之一，也是果實發(fā)育和抗性研究的經(jīng)典模式作物。在番茄馴化過程中，持續(xù)的選擇降低了遺傳多樣性，導(dǎo)致番茄“丟失”了許多優(yōu)異的農(nóng)藝性狀。因此，在現(xiàn)代番茄育種中，野生番茄經(jīng)常被用作重要的種質(zhì)供體。醋栗番茄（Solanum pimpinellifolium）作為栽培番茄的野生祖先，具有抗病、抗逆等優(yōu)異性狀，使其在培育抗病、耐逆番茄新種質(zhì)過程中具有巨大潛力。
研究人員利用PacBio三代測序、Bionano光學(xué)圖譜、Hi-C技術(shù)和二代測序策略，構(gòu)建了醋栗番茄LA1589染色體水平的高質(zhì)量基因組圖譜。組裝的基因組大小為833 Mb，contig N50長度為31 Mb，大約98.8%的contig序列錨定到12條染色體，重復(fù)序列約占整個基因組的74.47%。BUSCO評估結(jié)果達(dá)到98.3%，同時，LAI得分達(dá)到14.49分，說明該基因組的組裝質(zhì)量較高。基因組注釋共發(fā)掘41,449個蛋白編碼基因，其中89.17%具有功能注釋信息。
圖1. 醋栗番茄LA1589基因組組裝概況與特征
李傳友團(tuán)隊博士生韓鴻宇為該論文第一作者。孟憲文副教授和李傳友教授為共同通訊作者，山東農(nóng)業(yè)大學(xué)陳謙教授、趙久海教授、翟華偉副教授和鄧?yán)诮淌趨⑴c了該研究工作。該工作得到了國家自然科學(xué)基金、山東省自然科學(xué)基金、國家重點研發(fā)計劃和青島市科技惠民示范專項項目的資助。
原文鏈接：https://doi.org/10.1038/s41597-024-03442-6
編 輯：萬 千
審 核：賈 波
