近日,植物保護學(xué)院楊龍教授團隊在International Journal of Molecular Sciences上發(fā)表了題為CRISPR/Cas9 Editing Sites Identification and Multi-Elements Association Analysis inCamellia sinensis的論文。
CRISPR/Cas9是一種高效的基因組編輯工具,茶樹基因組中編輯位點的鑒定及潛在影響因素尚未得到研究。在本研究中,利用生物信息學(xué)方法鑒定shuchazao基因組中包括編輯位點、simple sequence repeats (SSR)、G-四鏈體、基因密度的特征及其關(guān)系。在基因組中共鑒定了248,134,838個潛在的編輯位點,觀察到AGG、TGG、CGG、GGG、NGG五種PAM類型,其中66,665,912個被發(fā)現(xiàn)是有特異性的,它們存在于基因所有結(jié)構(gòu)元件中。聯(lián)合分析中在染色體中發(fā)現(xiàn)了GC含量、GQ密度、PAM密度高相反基因密度、SSR密度低的特征區(qū)域,并發(fā)現(xiàn)該區(qū)域與次生代謝物和氨基酸生物合成途徑相關(guān)。所鑒定的編輯位點與影響元件SSR標記為茶樹功能研究和分子育種提供了有價值的工具,也給予了其他作物育種參考。
山東農(nóng)業(yè)大學(xué)植物保護學(xué)院22級碩士研究生李浩真與博士生宋康康為文章共同第一作者,山東農(nóng)業(yè)大學(xué)植物保護學(xué)院楊龍教授為論文通訊作者。本研究得到了山東省現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系創(chuàng)新團隊項目和中央引導(dǎo)地方科技發(fā)展資金的資助。
論文鏈接:https://www.mdpi.com/1422-0067/24/20/15317
編 輯:萬 千
審 核:賈 波