近日，生命科學學院李傳友團隊在Scientific Data上發(fā)表題為“Chromosome-level genome assembly of Solanum pimpinellifolium”的研究論文，該研究在染色體水平上解析了醋栗番茄LA1589的基因組，為今后研究番茄馴化和基因組育種提供了寶貴的資源。

番茄是全球重要的蔬菜作物之一，也是果實發(fā)育和抗性研究的經典模式作物。在番茄馴化過程中，持續(xù)的選擇降低了遺傳多樣性，導致番茄“丟失”了許多優(yōu)異的農藝性狀。因此，在現(xiàn)代番茄育種中，野生番茄經常被用作重要的種質供體。醋栗番茄（Solanum pimpinellifolium）作為栽培番茄的野生祖先，具有抗病、抗逆等優(yōu)異性狀，使其在培育抗病、耐逆番茄新種質過程中具有巨大潛力。

研究人員利用PacBio三代測序、Bionano光學圖譜、Hi-C技術和二代測序策略，構建了醋栗番茄LA1589染色體水平的高質量基因組圖譜。組裝的基因組大小為833 Mb，contig N50長度為31 Mb，大約98.8%的contig序列錨定到12條染色體，重復序列約占整個基因組的74.47%。BUSCO評估結果達到98.3%，同時，LAI得分達到14.49分，說明該基因組的組裝質量較高?；蚪M注釋共發(fā)掘41,449個蛋白編碼基因，其中89.17%具有功能注釋信息。

發(fā)布

圖1. 醋栗番茄LA1589基因組組裝概況與特征

李傳友團隊博士生韓鴻宇為該論文第一作者。孟憲文副教授和李傳友教授為共同通訊作者，山東農業(yè)大學陳謙教授、趙久海教授、翟華偉副教授和鄧磊教授參與了該研究工作。該工作得到了國家自然科學基金、山東省自然科學基金、國家重點研發(fā)計劃和青島市科技惠民示范專項項目的資助。

原文鏈接：https://doi.org/10.1038/s41597-024-03442-6

編      輯：萬    千 

審      核：賈    波