近日,信息科學(xué)與工程學(xué)院孫曉勇教授團(tuán)隊(duì)在《Nucleic Acids Research》database issue在線發(fā)表了題為“PlantCircRNA: A comprehensive database for plant circular RNAs” 的研究論文。信息科學(xué)與工程學(xué)院在讀碩士研究生和樹天與本科生邴建皓為本文并列第一作者,孫曉勇教授為本文通訊作者。
環(huán)形RNA(circ RNAs)是一種特殊類型的非編碼RNA,CircRNAs是由3′端下游供體和5′端上游受體經(jīng)反向剪接形成的閉合環(huán)狀分子,普遍存在于真核生物中。circRNAs結(jié)構(gòu)穩(wěn)定,具有重要的非編碼功能,在調(diào)節(jié)基因表達(dá)和各種生物學(xué)功能方面起著重要作用。circRNAs在植物體內(nèi)也起著重要的調(diào)控作用,影響植物的根、莖、葉、花、果實(shí)以及其他器官生長發(fā)育。為了幫助學(xué)術(shù)界研究植物環(huán)形RNA,該團(tuán)隊(duì)對94種植物進(jìn)行了系統(tǒng)的分析挖掘,構(gòu)建了一個(gè)目前世界最大的植物環(huán)形RNA數(shù)據(jù)庫:PlantCircRNA (https://plant.deepbiology.cn/PlantCircRNA/)。
PlantCircRNA是一個(gè)涵蓋94種植物的大數(shù)據(jù)平臺。這一新資源不僅對39,245 RNA-seq 樣品進(jìn)行了分析挖掘,提取相關(guān)環(huán)形RNA數(shù)據(jù),還將前期課題組構(gòu)建的AtCircDB和CropCircDB進(jìn)行了整合。針對組織特異性和各類脅迫,平臺都進(jìn)行了系統(tǒng)的標(biāo)注和梳理。另外依據(jù)81篇文獻(xiàn),平臺對學(xué)術(shù)界已經(jīng)發(fā)現(xiàn)的環(huán)形RNA進(jìn)行了進(jìn)一步標(biāo)注,并提出了detection score算法支持?jǐn)?shù)據(jù)的可靠性。該研究為學(xué)術(shù)界提供一個(gè)最為全面的植物環(huán)形RNA大數(shù)據(jù)平臺,對研究植物環(huán)形RNA具有重要的應(yīng)用價(jià)值。
該研究得到了國家自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目的資助,學(xué)校超級計(jì)算中心提供了算力支持。
論文鏈接:https://doi.org/10.1093/nar/gkae709
編 輯:萬 千
審 核:賈 波